През годините църквата е раздирана от много конфликти. Един от тях е Авиньонският плен на папите. Той обхваща периода 1309-1377 г. По това време центърът на католическата църква се мести във Франция.
В основата на Авиньонския плен стои конфликт между и папа Бонифаций VIII и френския крал Филип IV Хубави. Кралят налага извънредни данъци на намиращите се в неговите територии свещеници, без първо да се допита до тях. Апостолическият престол реагира остро. Френският монарх играе важна роля в избора на французина Климент V за папа през 1305 г. Главата на католическата църква обаче намира живота в Рим за доста стресиращ. През 1309 г. той решава да премести папската столица в Авиньон, който по това време е собственост на папските васали.
По-голямата част от мъжете, назначени от Климент V за кардинали, са французи. Това значително увеличава шансовете следващият папа да бъде французин. По време на Авиньонския плен има цели седем папи с френски произход. Това са Климент V, Йоан XXII, Бенедикт XII, Климент VI, Инокентий VI, Урбан V и Григорий XI. Въпреки че авиньонските папи успяват да запазят известна независимост, влиянието на френските крале върху тях е осезаемо.
Папите не бездействат по времето на престоя си във Франция. Някои от тях полагат искрени усилия за подобряване на положението на Католическата църква и за постигане на мир в християнския свят. Част забележителните постижения на авиньонските папи включват реорганизацията и централизацията на папската администрация, засилване на мисионерството по света, насърчаването на университетското образование и засилване на ролята на Кардиналската колегия в управлението на църковните дела. Авиньонските папи правят и опити да уредят светски конфликти.
Въпреки че Авиньон принадлежи на папството (закупен е от папски васали през 1348 г.), съществува схващането, че градът принадлежи на Франция и че папите са задължени на френската корона за прехраната си. Освен това, Папската държава в Италия вече трябва да се отчита пред френските власти. Италианските интереси към папството през миналите векове довеждат до също толкова корупция, колкото и в Авиньон, ако не и повече, но това не спира италианците да атакуват авиньонските папи с пламенност.
Краят на Авиньонското папство идва на 17 януари 1377 г. Тогава папа Григорий XI решава да върне папския престол в Рим. Той прави това въпреки възраженията на кардиналите във Франция.
Избраният за негов наследник, Урбан VI, е толкова враждебен към кардиналите, че 13 от тях се събрат, за да изберат друг папа - антипапа. Така се стига до Западната схизма (1378-1417 г.)
През 1409 г. е направен опит за помирение, като папата и антипапата са призовани на църковен събор в Пиза, но нито един от двамата не се явява. Там кардиналите избрат за папа Петер Филарг, който приема името Александър V. Разцеплението приключва през 1415 г., когато римският папа Григорий XII се отказва от престола си, принуждавайки фракците да се съберат заедно и единодушно да изберат негов наследник. Западната схизма свършва с избора на папа Мартин V.
Лошата репутация на авиньонската администрация, независимо дали е заслужена или не, наврежда на престижа на папството. Много християни вече се сблъскват с кризи на вярата поради проблемите, възникнали по време на и след Черната смърт. Пропастта между Католическата църква и миряните, търсещи духовно напътствие, само се задълбочава.
