Не дълго след кончината на Аменхотеп III, през 1353 г. пр. н. е., масони влизат в смъртния му храм и методично премахват всяко споменаване на Амун, богът, за който се твърди, че наставлява големия фараон. Удивителното е, че заповедта за извършване на това богохулство идва от собствения син на краля. Коронован като Аменхотеп IV, той сменя името си на Ехнатон през петата си година на трона и съсредоточава своята енергия върху лансирането на един-единствен бог, Атен, слънчевия диск. Заедно с красивата си кралица Нефертити той построява нова столица Ахетатен (днес известна като Амарна), забранява изобразяванията на няколко божества и се заема да унищожи всички надписи и изображения на Амун – от делтата на Нил до днешния Судан.
Опитът на Ехнатон да потисне един бог и да лансира друг в култура, която търпи сложен пантеон на непрекъснато променящите се божества, не успява. И все пак никой друг фараон – освен може би неговият син, момчето-цар Тутанкамон, който бързо спира кампанията на баща си – не е завладявал така модерното въображение. Агата Кристи пише пиеса, а Филип Глас прави опера, наречена на Ехнатон, а носителят на Нобеловата награда Нагуиб Махфуз създава романа „Dweller in Truth“ за еретическия цар, който се осмелява да преобърне религиозна система, по-стара отколкото е ислямът днес. Древноегипетският набор от вярвания, съсредоточен върху смъртта и отвъдния живот и към божества, които могат да променят вида си, остава чужд и загадъчен за повечето западняци.
Ранните египтолози виждат в подхода на Ехнатон първото загатване на предстоящите големи монотеизми на юдаизма, християнството и исляма. „Не може да се открие и част суеверие или фалшивост в това ново поклонение“, пише Флиндърс Петри, британски археолог, който копае в столицата на Ехнатон в началото на 90-те години на 19 век. Зигмунд Фройд дори твърди, че Мойсей е египетски свещеник, който разпространява религията на Атен. Разбира се, няма доказателства, свързващи култа към Атен с днешните монотеични вярвания, и няма и никакви археологически доказателства за еврейските племена, които се появяват чак два века след смъртта на фараона. Учените също така не са на едно мнение за това на какво въобще са дължат вярванията на Ехнатон. „В резултат – казва египтологът Бетси Брайън от университета Джон Хопкинс – хората са склонни да позволяват на фантазиите им да се развихрят“.
Но вярата на Ехнатон може поне да се проследи до времето на Аменхотеп III, който кръщава царска лодка, както и тевански дворец на Атен. (Името „aten“ означава просто „слънце“, докато бащата на Аменхотеп III не повишава Атен до статута на божество.) Основната преданост на Аменхотеп III обаче е към Амон-Ра – комбинация от божеството на Тива Амон и северният египетски бог на слънцето Ра. Според запис, който описва замисъла на фараона, Амон се дегизира като Тутмос IV и влиза в спалнята на кралицата. Призрачният аромат на бога я събужда, „и тогава величието на този бог направи всичко, което желае с нея“. Като твърди Амун за свой баща, Аменхотеп III „се опита да се покаже като толкова близък с бог, колкото всеки фараон преди него“, казва Брайън.
Докато Аменхотеп III приема традиционното схващане, че всички богове са аспекти на една и съща божествена същност, има намеци, че теологическото разцепление вече е било в началото си. Брайън отбелязва, че някои надписи в храма на фараона споменават само Атен.
Други египтолози посочват, че Ехнатон толерира други богове и изглежда има това само за Амун. Някои смятат, че при изтриването на Амон, Ехнатон може би е искал да внесе повече ред в един объркващ пантеон. Други смятат, че той се бори с политическата сила на богатото свещеничество. Има и психоаналитични интерпретации – че той или се е прекланял на баща си като Атен, или се е бунтувал срещу предаността на баща си към Амон. Рей Джонсън от Чикагския университет вижда връзка между скулптурите от царуването на Аменхотеп III и изкуството от времето на Ехнатон, а той и други предполагат, че баща и син са споделяли трона за няколко години преди смъртта на бащата на около 50-годишна възраст „Не получаваме конкретни сведения“ в оцелелите текстове, казва Джон Бейнс от Оксфордския университет. „Много е неразумно да мислим, че знаем достатъчно, за да сме сигурни.“
И все пак в изкореняването на името и образите на Амон от Ахнатон в Египет „има всички признаци на истински екстремизъм“, казва Брайън. Във всеки случай визията му не остава след смъртта му – масоните отново влизат в смъртния храм на Аменхотеп III. Те написват отново името на Амун и докато са вътре, изтриват всички споменавания на Ехнатон.