Жан Мулен е един от ключовите членове на френската съпротива по време на Втората световна война – той помага за събирането на разпръснатите групи бойци и е първият президент на Националния съвет на Съпротивата. Харесван и уважаван от самия Шарл дьо Гол, Мулен е от решаващо значение за успеха на Съпротивата. Мисията му обаче приключва, след като е предаден и заловен от „Лионския касапин“.
Клаус Барби, Лионския касапин
Когато Германия нахлува във Франция, Мулен работи като регионален администратор. Той не е доволен от тази позиция, тъй като вярва, че може да бъде по-полезен за войната и по друг начин.
Арестуван е от германците през юни 1940 г., защото отказва да подпише документ, който фалшиво потвърждава, че трима сенегалски войници са извършили зверства. В ареста е жестоко бит, почти до смърт, и след това хвърлен в плевня, пълна с осакатени тела.
Мулен, загрижен, че когато побоите започнат отново, ще се пречупи и ще подпише документа, се опита да посегне на живота си, като си преряза гърлото с парче стъкло. Опитът му за самоубийство обаче е чут от охрана и впоследствие е откаран в болница. В крайна сметка се възстанови и документът така и остава без подпис. Оттогава Мулен крие белега на врата си с шал.
Не след дълго Мулен се запознава с редица членове на Съпротивата и решава да помогне. Той пътува през Испания и Португалия и си проправи път до Англия, стигайки до Лондон през септември 1941 г. Там той се срещна с Шарл дьо Гол, който е лидер на Свободна Франция по това време и е нетърпелив да приеме всеки, който може да помогне на каузата.
Мулен предлага услугите си и е приет с радост, тъй като той вече беше добре уважаван, имаше опит от първа ръка с вътрешните работи на Режима Виши (френска марионетна държава 1940 – 1944 г.) и е запознат с доста голяма част от Съпротивата.
Задачата на Мулен е да организира и обедини различните групи на Съпротивата под Свободна Франция (политическо движение на френските емигранти във Великобритания по време на Втората световна война). За това той каза: „Би било безумно и престъпно, в случай на съюзнически действия на континента, да не използваме войски, подготвени за най-големи жертви, разпръснати и неорганизирани днес, но утре способни да съставят обединена армия, която вече е на място, запозната с терена и избрала своя враг и цел.“
Той е назначен за делегат на Френския национален комитет в Неокупираната зона и скача с парашут обратно във Франция на първия ден на 1942 г. Там занесе малък документ на микрофилм в кибритена кутия, подписана от Дьо Гол, в който пише: „Задачата на г-н Мулен е да постигне, в зоната на метрополна Франция, която не е пряко окупирана, единство на действията на всички елементи, които се съпротивляват срещу врага и неговите сътрудници.“
Това няма да е лесна задача, тъй като до този момент групите на Съпротивата действат предимно самостоятелно и имат различни цели и визии. Той се среща с лидерите на пет групи и успешно убеждава три от тях да работят заедно, образувайки Mouvements Unis de la Résistance (Обединени съпротивителни движения; известни като MUR). Прекара 1942 г. в подобни срещи с лидери, обединявайки членове и създавайки различни организации и служби, които се занимаваха с набирането на кадри за Съпротивата, комуникациите и снабдяването.
Може би най-голямото (и най-предизвикателното) постижение на Мулен идва през май 1943 г., когато той успешно създава Conseil national de la Résistance (Национален съвет за съпротива, CNR). Там успява да събере осем лидери на Съпротивата, два профсъюза и пет политически партии. Скоро съветът гласува признаването на Дьо Гол за ръководител на временно френско правителство.
Но едва седмици по-късно Мулен, една от най-важните фигури на Съпротивата, беше мъртъв.
Мулен е на среща на Съпротивата в къща в Лион на 21 юни 1943 г., когато той и неговите колеги са арестувани от Гестапо. От всички ужасни групи във Франция по това време, Мулен е в ръцете на една от най-лошите: тази на Николаус Барби, печално известен като „Касапина от Лион“.
Известно е, че Барби е добре запознат с изтезанията и ги упражнява без ограничения върху Мулен. След ареста му през юни Мулен е отведен в затвора Монлюк в Лион, където е измъчван всеки ден. Твърди се, че освен щетите, причинени от безмилостните побои, ноктите на Мулен са отстранени, китките му са счупени, а пръстите му са смачкани в рамката на вратата на килията за разпити. След всяка сесия Мулен, който е почти неузнаваем, е показван пред другите затворници.
Жан Мулен знае всичко, което можеше да се знае за Съпротивата, но въпреки мъченията, нито веднъж не се пречупва. Тялото му се предава преди ума и той вероятно умира, докато е транспортиран към Германия през юли.
Първоначално е погребан в Париж, но през 1964 г. прахът му е преместен в Пантеона при вълнуваща церемония с участието на Дьо Гол.