От приблизително 130 000 души, участвали в проекта „Манхатън“, мнозинството не са имали представа какво точно създават. Подобно на работниците на конвейер, те са изпълнявали своите малки, специализирани задачи, без да им бъде показвана цялостната картина. Тези, които все пак са знаели, са имали своите причини да останат. Някои заради пари: според съобщенията заплатите по проекта били по-добри от средните. Други действали от патриотизъм и търсели отмъщение за Пърл Харбър. Трети пък са били мотивирани от научно любопитство: „Работим върху нещо, което е по-важно от откриването на електричеството“, казвал на новобранците си химикът Глен Сиборг, който оглавявал отдела за плутоний. „Това почти винаги ги очароваше.“
Лиза Мейтнер
За малък брой учени обаче нищо от тези изкушения не си заслужава моралната цена. „Няма да имам нищо общо с бомбата!“ казва Лиза Мейтнер – австрийска физичка, на която се приписва откриването на ядреното делене – когато е поканена да се включи в проекта „Манхатън“. Към Мейтнер се присъединяват и италианския физик Франко Расети, дългогодишен сътрудник на Енрико Ферми, както и от носителя на Нобелова награда Изидор Раби. Конкретно Раби отказва предложението на Опенхаймер да стане заместник-директор на целия проект, като работи само в ограниченото качество като консултант.
Някои учени се присъединяват към проекта „Манхатън“, но след това му се противопоставят – когато осъзнават разрушителния му потенциал. Полско-британският физик Джоузеф Ротблат пристига в лабораторията в Лос Аламос през 1944 г., за да оглави нейния теоретичен отдел, но напуска по-късно същата година, когато става ясно, че нацистка Германия не е близо до разработването на собствена атомна бомба (противодействието на потенциалния атомен арсенал на нацистите е било първоначалната цел на проекта „Манхатън“). След като дълго време е обвиняван в съветски шпионаж, Ротблат е допуснат отново в САЩ едва през 1964 г. Тези обвинения обаче не спират кръстоносния му поход срещу ядрената енергетика и през 1993 г. той публикува книга, в която се обявява за демонтирането на всички оръжия за масово унищожение на планетата.
Лео Силард
Друг учен, който съжалява за работата си в Лос Аламос, е Лео Силард. Унгарско-американският физик е един от хората, които заедно с Алберт Айнщайн помагат за стартирането на проекта „Манхатън“: през 1945 г. той обикаля от отдел на отдел и събира подписи за петиция, която да разубеди президента Хари Труман да хвърля техните ужасни творения върху Хирошима и Нагасаки. В петицията, подписана от повече от 70 експерта, се твърди, че макар Втората световна война да трябва да бъде „доведена бързо до успешен край“, такава атака срещу Япония не може да бъде оправдана, докато на страната не бъде дадена възможност да капитулира. По-важното е, че вносителите на петицията смятат, че САЩ, като първата държава с ядрени оръжия, трябва да даде пример на останалия свят, като се въздържат от използването им:
Развитието на атомната енергия ще предостави на народите нови средства за унищожение. Атомните бомби, с които разполагаме, представляват само първата стъпка в тази посока и почти няма ограничения за разрушителната сила, която ще бъде достъпна в хода на бъдещото им развитие. Така че нацията, която създаде прецедента да използва тези новоосвободени природни сили за целите на унищожението, може да се наложи да понесе отговорността за отварянето на вратата към една ера на опустошения от невъобразим мащаб.
Със своята петиция Силард предизвиква враждебността на федералното правителство, военните и Опенхаймер, който се уверява, че никой от учените, работещи в лабораторията в Лос Аламос, няма възможност да подпише документа. Опенхаймер смята, че няма смисъл да се разработва нещо, което никога няма да бъде изпитвано. „Ако сте учен, не можете да спрете такова нещо“, казва той по време на прощалната си реч през 1945 г. „Ако сте учен, вярвате, че е добре да разберете как функционира светът; че е добре да разберете какви са реалностите; че е добре да предадете на цялото човечество възможно най-голямата власт да контролира света и да се справя с него според своите светлини и ценности.“
Години по-късно Опенхаймер променя мнението си, когато се противопоставя на появата на водородните бомби с мотива, че те са още по-разрушителни от атомните. Но неговите призиви, както и тези на колегите му преди него, идват твърде късно. Ротблат така и не успява да убеди световните лидери да се споразумеят за глобално ядрено разоръжаване. Петицията на Силард така и не стига до Труман – държавният секретар Джеймс Ф. Бърнс отказва да му я покаже. А Хирошима и Нагасаки са погълнати от дим, радиация и смърт.