Още от Chronicle
Главният вход на École Normale
През 1854 той се мести в Университета в Лил, където отново е професор. Именно тук Пастьор се заема с един много важен проблем – защо алкохолните напитки вкисват. През 1856 бащата на негов ученик, господин Бигот, го наема да разбере какво разваля един определен вид бира. В процеса, под микроскопа си Луи намира не само дрожди, но и нов тип микроорганизъм – acetobacter aceti, който превръща алкохола в оцетна киселина.
След методични и систематични експерименти с млечна и алкохолна ферментация, Пастьор заключава, че самият процес на ферментацията не се дължи на спонтанна химична реакция (тогава популярното мнение в научните среди), а е дело именно на тези микроорганизми.
През 1857 Пастьор се завръща в École Normale, става директор и продължава да изучава въпроса. На 20 април 1862 успешно успява да свари и после изстуди вино като метод за убиване на вредоносната бактерия. Този начин се използва и от китайците още през 1117, но Луи, разбира се, няма как да знае това. Делото му не остава незабелязано и император Наполеон III го наема, за да спаси цялата френска винена индустрия, която е покосена от „болест“, заради която виното става кисело.
Наполеон III
Пастьор открива, че за да се запази едновременно вкуса на виното и самото то, достатъчно е нагряване до 50-60 градуса (а не варене). Целият винен бизнес бързо приобщава това към практиките си, а млякото ще го последва след няколко години (което е малко тъжно, защото тогава суровото мляко често е преносител на туберкулоза ).
По-късно, след като спасява виното на Франция, Пастьор спасява и умиращите буби от копринената индустрия като разработва метод за елиминиране на двата микроорганизма, които ги убиват. Това доказало (поне на него), че микроорганизмите причиняват болести и след смъртта на Наполеон III ученият се споразумява с новото правителство за нова лаборатория, добра пенсия и свободата да изучава микроорганизмите колкото си иска, а не както досега – паралелно с преподаването.
Още в началото успява да открие ваксина за птичата холера, макар и малко случайно. Той остава поднос с проби в лабораторията си и отива на почивка. Когато се връща, едвам живите микроорганизми вече са загубили вредната си потентност. Един от асистентите му, Чалз Чеймбърленд, трябваше да се грижи за тях и да ги инжектира в кокошки. Той обаче не го прави и те замаляват. В това им състояние Луи, когато се връща, ги инжектира в кокошките и забелязва, че пилетата не само оздравяват, но и стават имунизирани към холерата.
Прилагайки този метод, до 1881 Пастьор има ваксина срещу антракса. Жан Анри Тюсо обаче го изпреварва. (Дори той самият, след като изолира микробите, дава на Луи проба, с която да работи.) Луи първоначално, съдейки по тетрадките му, изпробва същия метод като Жан (използвайки калиев дихромат), за да разработи своята ваксина. Той обаче отрича това и твърди, че ползва свой метод, за който чака патент.
Аксел Мунте
Следващата цел е бяс, което е проблем, защото добиването му е изключително трудно и опасно. Както обаче шведският доктор Аксел Мунте пише в мемоарите си: „Пастьор беше абсолютно безстрашен. Веднъж гледах как взима слюнка от бесен булдог, докато двама от асистентите му държат животното на масата, ръцете им защитени с кожени ръкавици.“
Скоро Луи, заедно със своя рядко споменаван колега, Пиер Роу, откриват, че вирусът на бяса може да бъде отслабен като се инжектира в други животни – те правят опити с маймуни и зайци. До 1885 вече имат успешно разработена работеща ваксина, която прилагат на кучета. Правят също и такава, която работи животни, които вече са заразени. В този момент Пастьор иска вече да изпробва лека си и на хора – и по конкретно на 9-годишния Джоузеф Мистър, който е бил ухапан от бясно куче и съответно най-вероятно е обречен на ужасна смърт, ако не се намери лек. Прилагайки ваксината върху Джоузев, Луи се излага на известна съдебна опасност, защото той не е доктор, но все пак момчето бива инжектирано.
И добре че! Ваксината е напълно функционираща и малкият Мистър е излекуван. Ученият не само не е съден, но този успех затвърждава образа му на учен от световно ниво. Парите от продажбите на ваксината отиват за финансирането на Института Пастьор, който и до днес е един от водещите световни институции за биомедицински изследвания.